검찰은 원씨가 국정원장으로 재직 중이던 2011년 말부터 2012년 초까지 국정원의 해외공작금 200만 달러를 미국 스탠퍼드대에 보내도록 했다는 자료를 국정원으로부터 넘겨받은 것으로 알려졌다.

당시 국정원 자금은 국가안보전략연구원을 경유해 스탠퍼드대의 한 연구센터로 보내진 것으로 전해졌다.

검찰은 원 전 원장이 2013년 퇴임 이후 스탠퍼드대에 객원연구원으로 가려는 계획을 세우고 자리 마련을 위해 국정원 자금을 기부하게 한 것으로 보고 있다.

검찰 관계자는 “원 전 원장이 2013년 국정원 댓글 수사로 출국금지되면서 미국행이 무산됐지만, 해당 자금은 그대로 스탠퍼드대에 남은 것으로 안다”고 말했다.

한편 이날 JTBC는 원 전 원장이 국정원돈 200만 달러를 미국 스텐포드 개인 계좌로 송금했다"고 보도했다. 매체는 원 전 원장이 이 돈을 개인적으로 쓰기위해 송금한 것으로 보인다고 전했다.

원세훈 전 국가정보원장이 지난 2013년 3월 24일 미국으로 출국할 예정이었지만 출국금지로 무산됐다.당시 원 전 원장은 국정원 직원들에게 직접 정치개입을 지시한 혐의로 고소·고발을 당한 상황으로 퇴임 사흘 만에 시급한 사유 없이 국외로 떠나는 것이어서 ‘도피성 출국’이 아니냐는 의문이 재기된 바 있다.

시사플러스 취재결과 원 전 원장은 당시 미국 샌프란시스코 공항으로 떠나는 항공편을 예약한 것으로 확인됐다. 미국에 도착한 뒤에는 당분간 귀국하지 않고 캘리포니아주 샌타클라라카운티에 있는 스탠퍼드대학에 머물 계획인 것으로 알려졌다.

당시 원 전 원장의 퇴임 뒤 출국설은 이미 오래전부터 나왔다. 국회 정보위원회 소속의 한 의원실 관계자는 “원 전 원장이 임기를 마치고 스탠퍼드대학 연구원으로 간다는 국정원 내부 제보를 오래 전부터 들어왔다. 이 때문에 2012년 대선 전에 있었던 국회 정보위에서 ‘국정원장에서 물러나면 스탠퍼드대학으로 갈 계획이 있냐’고 물었지만 원 전 원장은 ‘그럴 계획이 없다’고 대답했다”고 밝혔다.

국정원 대선 여론조작 의혹의 최종 책임자로 지목되는 원 전 원장이 해외로 떠나 장기간 돌아오지 않는다면 이 사건에 대한 수사와 국정조사는 표류할 수밖에 없다는 것이 당시 다수 언론의 지적이었다.